Я делал таким образом (в Release-режиме):
1. Компилю ядро, запускаю.
2. В студии выбираю Debug -> Attach to process -> mangosd.exe (в названиях мог ошибиться, т.к. студии под рукой нет).
3. Потом в нужных местах расставляю точки остановки и нажимаю F10 для дальнейшего перехода по строкам.
Данный способ посоветовала Laise, за что ей большое спасибо, т.к. сам не знал.
Правда, с СД2 такой номер не прокатывает, отладку так и не получилось запустить.