Нужно удалять ветвь.
Код:
git checkout origin/master
git branch -D bad_branch_name
Если репо действительно убит, то стало быть сносим все файлы и паки кроме .git и ресетимся.
Код:
git reset --hard HEAD
Можно и без --hard, но не помешает перестраховаться.