тут проблема не с пропатчиванием исходников, а с кривыми руками у автора этой проблемы.
Мне кажется нужно знать команды чтобы правильно мержить разные ветки, и не думаю что такой вариант правильный. Как добавлять еще один репозиторий к локальному, писалось в теме про гит.