Если патч SD2 в текстовом редакторе откроете - увидите, что не так. Вкратце: autoconf "хочет", чтобы исходники SD2 лежали в ~/Sources/mangos/src/bindings. Про другие места он ничего не знает, т.к. телепатией не владеет. Судя по Вашим логам можно сделать вот так:
Код:
cd ~/Sources/mangos
mv ~/Sources/scriptdev2 src/bindings/ScriptDev2
autoreconf -ifv
Далее смотрите на ошибки. Нет - создавайте директорию для компиляции:
Код:
mkdir objdir
cd objdir
../configure <bla-bla-bla>
И ставьте все пакеты, на которые configure будет ругаться.