Я думаю должен быть корневой проект, и в нем как модули - эмулятор, экстракторы, тулзы, не?
OSGI, Spring, IoC... это все хорошо, но что я могу сказать не имея представления о том, что сейчас есть?
Раз уже что-то есть, то архитектура уже наверное была выбрана, так уже будем ее придерживаться - это же java way. Не будем начинать с нуля, когда уже что-то есть, будем переиспользовать