все очень просто - все делает за нас клиент. как только мы персом залазим на транспорт (пепелацы, метро, лифт, корабли - не важно. транспортное ГО), - клиент сам это понимает и начинает присылать в наших мув-пакетах установленный флаг ON_TRANSPORT, основные координаты он в этот момент не меняет и присылает одни и те же, равные координатам корабля. присылает и относительные координаты относительно корабля. нам остается только всем этим правильно воспользоваться.
я думаю, что бы лучше понималось, нужно взять сервер, включить распечатку дампов интересующих опкодов, зайти в мир, найти корабль и посмотреть что там происходит
а таймстапм - это по сути бегунок прокрутки. надо при создании мира (запуске сервера) синхронизированно их запустить и как то хранить, что бы в любой момент можно было знать чем равен этот бегунок. и при создании объекта транспорта правильно выставлять это значение в create пакетах. тогда всё будет работать четко.